论文查重软件通过比对文本内容中的文字、句子甚至段落，识别其中的引用和抄袭部分。首先，软件会通过内置算法将文本进行分块，然后与已有的数据库进行比对，查找相似度。对于引用部分，软件会标注出处信息，而对于抄袭部分，则会给出相似度报告。同时，一些高级的查重软件还会采用语义分析等技术，提高识别的准确性。

除了文字比对，论文查重软件还可以通过检测格式、图片、图表等内容来判断是否存在抄袭。此外，一些软件还支持多语言检测，可以应对跨语言抄袭。在使用查重软件时，作者应该注意保留好原始文档和引用资料，及时修改和注明引用，避免被误判为抄袭。同时，也要了解不同查重软件的原理与特点，选择适合自己需求的工具进行查重。